Die ansteigende Überfischung durch den Menschen bekommt auch der Nördliche Felspinguin zu spüren. Nördlich des Südpolarkreises schrumpft seine Population immer weiter. Es brauchte nur rund drei Generationen und die kleinen Inseln im Atlantik und dem Indischen Ozean beherbergten nur noch rund die Hälfte ihrer ungewöhnlichen Bewohner. Auch Nahrungskonkurrenten, natürliche Feinde und die Ölverschmutzung durch das Unglück der MS Oliva im März 2011 hatten einen großen Einfluss auf die negative Entwicklung.
