Auch der Gelbaugenlaubfrosch gilt als stark gefährdet. Sein Bestand hat sich seit den 1990er Jahren fast halbiert. Auch hier zeigt die Pilzerkrankung Chytridiomykose einen Negativeinfluss auf die Population der Frösche. Hinzukommt die Urbanisierung in seiner Heimat Costa Rica, die den natürlichen Lebensraum der Agalychnis annae gefährdet.
