Sehenswert und weltberühmt ist außerdem die Thomaskirche (im Bild), neben der Nikolaikirche eine der beiden Hauptkirchen der Stadt und als Wirkungsstätte Johann Sebastian Bachs bekannt. In den Motetten der Thomaskirche können Gäste jeden Freitag und Samstag eine Kantate von Bach hören und sogar den Thomanerchor erleben.